Il territorio di Capojale si sviluppa attorno al canale omonimo che collega il Lago di Varano al Mare Adriatico. Costituisce il punto estremo dell'Isola di Varano, che termina con il canale di Foce Varano nella località omonima, nel territorio di Ischitella. Prima della costruzione del canale, nella zona scorreva la Focecchia, un piccolo corso d'acqua.
Nel territorio di Capojale ricade parte della Riserva Naturale Nazionale dell'Isola di Varano.
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