Il Museo di storia naturale del Mediterraneo risale al 1929 e si trova presso l'antica Villa Henderson costruita alla fine del XVIII secolo nel centro di Livorno. Adiacenti alla villa ci sono gli spazi espositivi realizzati ex novo negli anni Ottanta dall’architetto Giuseppe Milanesi.
Il complesso oggi si estende per 7.000 mq con diverse sale espositive, tra cui: la sala del mare, dedicata ai cetacei del Mediterraneo; la sala degli invertebrati, situata lungo via dell'Ambrogiana e la sala delle esposizioni temporanee sul retro della villa. Il museo dispone inoltre di un orto botanico che si estende su una superficie di 5.000 mq.
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